En réaction contre l'arianisme, le concile de Nicée (325) avait défini la pleine divinité du Fils "consubstantiel au Père". Les turbulences provoquées par la question trinitaire ne s'étaient pas encore calmées qu'un nouveau défi fut lancé, cette fois-ci dans le domaine de la christologie. Apollinaire, évêque de laodicée en Syrie, se demandait comment s'effectue en Jésus-Christ l'union entre le Logos, vrai Dieu, et l'humanité assumée au moment de l'Incarnation. A cette question fort pertinente, Apollinaire apportait une réponse nettement insuffisante. D'après lui, le Logos a assumé un corps et une âme non douée de raison, le Logos lui-même tenant lieu de raison. Devant le succès de cette conception qui mutilait l'humanité du Christ, des théologiens aussi éminents qu'Athanase et Grégoire de Nysse s'efforcèrent d'éclaircir le débat dans un sens conforme à l'orthodoxie. La crise apollinariste fut à l'origine d'un approfondissement décisif du mystère du Christ et contribua à préparer la formule du concile de Chalcédoine (451), selon laquelle Jésus-Christ est hommes parfait et Dieu parfait, l'humanité et la divinité se rencontrant en une seule personne.